Bà sinh thời là Phất Ngân công chúa (佛銀公主), sinh tại kinh đô Hoa Lư (Ninh Bình), là con gái của Hoàng đế Lê Đại Hành và Đại Thắng Minh Hoàng hậu Dương Vân Nga. Bà là chị em cùng cha khác mẹ với 2 vua Lê Trung Tông và Lê Ngọa Triều và là em cùng mẹ khác cha với vua Đinh Phế Đế. Căn cứ vào năm Dương Vân Nga lập Lê Hoàn làm vua (981) và năm sinh của Lý Thái Tông (1000) có thể dự đoán Lê Thị Phất Ngân sinh khoảng sau năm 981 vài năm.

Cũng như những hoàng hậu khác thời phong kiến, trong chính sử, Lê Thị Phất Ngân chỉ được nhắc đến gián tiếp với vài nét chấm phá như Đại Việt sử ký toàn thư, chép về Lý Thái Tổ có đoạn viết:

"Lập sáu hoàng hậu, duy có đích phu nhân gọi là Lập Giáo Hoàng Hậu, quy chế xe kiệu và y phục khác hẳn với các cung khác. Sách lập con trưởng là Phật Mã làm Hoàng thái tử, các con khác đều phong tước hầu".

Tiếp tục, Quyển II, Kỷ nhà Lý, mục Lý Thái Tông đoạn mở đầu viết:

"Mẹ là hoàng hậu họ Lê, sinh vua vào ngày 26 tháng 6 năm Canh Tý, niên hiệu Ứng Thiên năm thứ 7 [1000] thời Lê, ở phủ Trường Yên".[1]

Khi Thái Tổ Hoàng đế lên ngôi, bà được phong làm Lập Giáo Hoàng hậu (天主教皇后), quy chế xe kiệu, áo mũ vượt hơn các hoàng hậu khác.[2]

Khi Thái Tông Hoàng đế lên ngôi, bà được tôn làm Linh Hiển Hoàng thái hậu (靈顯皇太后)[1].